Сегодня, на ровном месте пропало соединение с базой данных.
Невозможно соединиться с базой данных и другие веселые сообщения об ошибках.
В логах:

AVC apparmor=»DENIED» operation=»open» profile=»/usr/sbin/mysqld» name=»/proc/11741/status» pid=11741 comm=»mysqld» requested_mask=»r» denied_mask=»r» fsuid=109 ouid=109

Решение нашел на bugs.launchpad.net

Решение:
sudo nano /etc/apparmor.d/usr.sbin.mysqld
Строка 25 после:
# Allow config access
  /etc/mysql/** r,
-добавить строку:
  /etc/mysql/* r,

systemctl restart apparmor.service

service mysql stop
service mysql start

— Проблема ушла